Согласно проекту, группа 3 будет разделена на две подгруппы. Соперниками «Факела-М» во второй из них станут «Салют Белгород», «Сокол» (Саратов), «Рязань», «Калуга», «Химик-Арсенал» (Тула), «Авангард» (Курск), «Динамо Брянск», «Зенит» (Пенза), «Динамо-Владивосток» и «Сахалин» (Южно-Сахалинск).
На первом этапе команды в каждой из подгрупп сыграют между собой. Затем шесть лучших клубов объединятся в новую подгруппу. На втором этапе среди них будет определен победитель Группы 3 ПФЛ, а также будут разыграны места с 1-го по 12-е. Команды, занявшие по итогам первого этапа 7-11 места, поборются за сохранение места в лиге.