Томичей с полным правом можно назвать пионерами футбола за Уралом – первая футбольная секция появилась в городе в июле 1909 года.
В 1957 году томский «Буревестник» был включен в чемпионат СССР, в класс Б и сразу стал одним из лидеров Сибирско-Дальневосточной зоны. Этот год считается годом основания «Томи». В 1959 году томская команда показала свой уровень в матчах с командами высшего эшелона. В матчах Кубка СССР томичи победили знаменитое киевское «Динамо» 1:0 и едва не выиграли у московского «Торпедо», в составе которого играли восемь футболистов сборной СССР. Однако, ведя в счете, томичи в итоге уступили - 1:2. В первой союзной лиге команда заняла четвертое место.
После этого томской команде пришлось надолго смириться с участью середняка, но с середины 90-х годов началось восхождение «Томи». В 1994 и 1996 годах клуб занимал 2-е место в зоне «Восток», а в 1997 году стал победителем турнира и завоевала право на повышение в классе. В 2002 году «Томь» завоевала бронзовые медали первого дивизиона. А 6 ноября 2004 года при 10-градусном морозе и полном стадионе состоялся праздник: обыграв «Анжи» (4:2), «Томь» вышла в Премьер-лигу. В первом сезоне «Томь» сумела завоевать неплохое для дебютанта 10-е место. В последующих сезонах в элите клуб дважды поднимался на самое высокое в истории, 8-е место (2006 и 2010), один раз играл в полуфинале Кубка России (2008 год). В сибирской команде проявили себя молодые футболисты, которые затем были приглашены в сборную России – защитники Алексей Бугаев и Федор Кудряшов, полузащитник Дмитрий Тарасов, голкиперы Сергей Рыжиков и Сергей Песьяков, яркие форварды Павел Погребняк и Артём Дзюба. В финальной части чемпионатов мира и Европы выступали игроки «Томи» Хрвое Вейич (Хорватия), Ким Нам Иль (Южная Корея), Александр Радосавлевич (Словения).
Успешно выступал за «Томь» и воспитанник воронежского футбола Константин Скрыльников.
В 2011 году томская команда покинула элитный дивизион. Однако за один сезон «Томь» сумела вернуться в Премьер-лигу. Ненадолго – финишировав в зоне стыковых матчей, сибиряки уступили «Уфе». К сезону-2016/2017 «Томь» снова оказалась в элитном дивизионе, но клуб накопил долгов и лишился большинства игроков по ходу чемпионата. Доиграв сезон фактически молодёжным составом, клуб опустился в ФНЛ. Там команда к сегодняшнему дню провела четыре сезона подряд
По итогам прошлого сезона «Томь» заняла место в зоне вылета и стала готовиться к выступлению в ФНЛ-2, однако отстранение «Чайки» от участия в розыгрыше вернуло сибирский клуб в подэлитный дивизион. В текущем Олимп-Первенстве ФНЛ «Томь» располагается на 12 месте в турнирной таблице. На родном стадионе сибиряки очень неуступчивы – в девяти домашних матчах у них пять побед, две ничьи и два поражения при разнице мячей 12-10. И в каждой из девяти домашних игр томичи не уходили с поля без забитого мяча. Всего же в 20 турах «Томи» лишь раз не удалось поразить ворота соперника – в 19-ом туре сибиряки не смогли забить «Балтике».
Главный тренер «Томи» – Сергей Жуков, который будучи игроком провёл за сибирский клуб пять сезонов. Также он выступал за «Рубин», «Локомотив» и «Торпедо» и немецкий «Майнц». Лучший бомбардир «Томи» – Александр Ставпец, который забил 10 мячей. Опытный полузащитник известен по игре за «Ростов», «Москву», «Крылья Советов», «Урал», «Ротор» и «Нижний Новгород». Цвета «Томи» также защищает защитник Валерий Почивалин, который ещё в прошлом сезоне выступал за «Факел».
